すっごい地味なネタです。
Adobe Illustrator 23（本稿執筆時点で2019年版のCC23.0.1）で、カスタマイズしたツールバーのアイコンを1列で配置しても、AIを再起動すると2列になってしまう現象が私の環境で起きました。
何度1列に戻しても、再起動すると2列にされてしまう。再現率100％。
そこで、Adobeのサポートに問い合わせるも、先方の環境では確認できず、結局「俺環」な現象ということに着地（不時着？）したのでした。
ただ、前バージョンから継承してきた環境設定 C:\Users\ユーザー名\AppData\Roaming\Adobe\Adobe Illustrator 23 Settings ではなく、真っ新な環境設定だと現象は見られない。ということで、ツールバーのアイコンが2列になってしまうのは設定の何かが関与していると考えました。
そこで、おまえか、こいつか、と地味に犯人探しをした末に判明したのは、環境設定 ＞ 一般 ＞ ドキュメントを開いていないときにホーム画面を表示 をチェックしていないと100％起きるということです。
ごちゃごちゃした画面が嫌いな私にとっては不本意ですが、こいつをチェックすることでツールアイコン2列問題は完全に解決に至りました。
加えて、この現象はツールバーがウィンドウ左端にドッキング（吸着・結合・スナップ）している状況で起きました。
ツールバーがフローティング状態の場合は、上記の設定の可否にかかわらず、2列になってしまう現象は起きませんでした。よって、より正確に記すと、
- 「ドキュメントを開いていないときにホーム画面を表示」をチェックしていない
- ツールパレットをウィンドウにドッキングしている
以上の複合条件下で100％起きるということになります。
余談ですが、AIにおけるツールバーのカスタマイズは、以前のバージョンでも可能でした。
Photoshopにも同様の機能がありましたがそのインターフェイスは両者で異なっており、CC23のメジャーアップデートでAIがPSに仕様を合わせたような印象です（InDesignにも搭載が待たれます）。
ちなみに、AI CC2018までは「ツールパネル」だったのを、CC2019では「ツールバー」と名称を変更したようです。個人的には「バー」の方が適切と思いますが、こーゆーのってややこしいね。
本件と関係あるかどうか、とりあえず私の環境では確認されていませんが、ツールバーのアイコンが勝手に移動する現象が報告されています（illustrator CC 2019のツールバーのカスタマイズを無効にしたい）。いろいろ問題が残存しているようですね。